Ganwyd Maria ym [[Madrid]] yn ferch i Siarl V, Ymerawdwr Rhufeinig Sanctaidd a Brenin Sbaen, ac [[Isabella o Bortiwgal]]. Fe’i magwyd yn [[Toledo]] a [[Valladolid]] yn bennaf gyda’i brawd [[Felipe II, brenin Sbaen|Felipe]] a chwaer [[Joanna o Awstria, Tywysoges o Bortiwgal|Joanna]].
Ym 1548, yn 20 oed, priododd ei chefnder [[Maximilian II, Ymerawdwr Glân Rhufeinig|yr Archddug Maximilian]].<ref>{{cite book|author-link=Henry Kamen|last=Kamen|first= Henry|title=Philip of Spain|publisher=Yale University Press|date= 1998 |isbn=978-0-300-07800-8|page=35|language=en}}</ref><ref>{{cite book|author=Anne Ake|title=Austria|url=https://books.google.com/books?id=03ssDPars_8C|year=2001|publisher=Lucent Books|isbn=978-1-56006-758-0|page=25|language=en}}</ref> Rhoddodd hi 16 o blant iddo yn ystod 28 mlynedd o briodas. Roedd hi a Maximilian yn Rhaglywiaid Sbaen tra roedd ei thad yn delio â materion gwleidyddol yn yr Almaen o 1548 i 1551. Ar ôl i'w thad ddychwelyd i Madrid fe symudon nhw i fyw yn llys tad Maximilian, [[Ferdinand I, Ymerawdwr Glân Rhufeinig|Ferdinand I]], yn [[Fienna]]. Ar ôl i Ferdinand farw ym 1564, daeth Maximilian yn Ymerawdwr. Er bod ei gŵr yn oddefgar ynghylch materion crefyddol, roedd Maria yn Babydd brwd. Bu farw Maximilian ym 1576, ond parhaodd Maria i fyw yn y llys ymerodrol yn Fienna tan 1582, pan ddychwelodd i Madrid, lle bu’n byw hyd at ei marwolaeth ym 1603.
