Ganwyd a magwyd Nelle Harper Lee yn [[Monroeville]], [[Alabama]], yr ieuengaf o bedwar o blant i Frances Cunningham (Finch) a [[Amasa Coleman Lee]].<ref name="EoABio">{{cite web |last=Anderson |first=Nancy G. |title=Nelle Harper Lee |url=http://eoa.auburn.edu/face/Article.jsp?id=h-1126 |work=The Encyclopedia of Alabama |publisher=Auburn University at Montgomery |accessdate=November 3, 2010 |date=March 19, 2007}}</ref> Ei enw cyntaf, Nelle, oedd enw ei mamgu wedi ei sillafu o chwith, a dyna'r enw roedd hi'n ddefnyddiodefnyddio.<ref name="KovaleskiNYTimes">{{cite news |last=Kovaleski |first=Serge |date=March 11, 2015 |title=Harper Lee's Condition Debated by Friends, Fans and Now State of Alabama |url=http://mobile.nytimes.com/2015/03/12/arts/artsspecial/harper-lees-ability-to-consent-to-new-book-continues-to-be-questioned.html?referrer=&_r=0 |newspaper=[[New York Times]] |location=New York |access-date=March 12, 2015}}</ref> Harper Lee oedd ei [[llysenw]].<ref name="KovaleskiNYTimes" /> Roedd ei mam yn wraig tŷ; roedd ei thad, yn gyn olygyddgolygydd a pherchennog papur newydd, yn gyfreithiwr a wasanaethodd gyda Deddfwrfa TaleithiolDaleithiol Alabama o 1926 hyd 1938. Cyn i A.C. Lee ddod yn gyfreithiwr teitl, fe amddiffynoddamddiffynnodd dau ddyn du oedd wedi ei cyhuddogyhuddo o lofruddio perchennog siop gwyn. Cafodd y ddau, tad a mab, eu crogi..<ref name=shields>{{cite book |last=Shields |first=Charles J. |title=Mockingbird: A Portrait of Harper Lee |year=2006 |publisher=Henry Holt and Co. |url=http://books.google.com/books?id=j8cm3hxUd7MC& |accessdate=2016-02-19}}</ref> Roedd gan Nelle Lee tri brawd neu chwaer: Alice Finch Lee (1911–2014),<ref name="aliceobit">{{cite news |url=http://www.latimes.com/local/obituaries/la-me-alice-lee-20141123-story.html |title=Lawyer Alice Lee dies at 103; sister of 'To Kill a Mockingbird' author |newspaper=Los Angeles Times |first=Elaine |last=Woo |date=November 22, 2014}}</ref> Louise Lee Conner (1916–2009) anEdwinac Edwin Lee (1920–1951).<ref name="louiseobit">{{cite news |url=http://www.legacy.com/obituaries/gainesville/obituary.aspx?n=louise-l-conner&pid=134447749 |title=Louise L. Conner Obituary |newspaper=The Gainesville Sun}}</ref>
Tra'nWrth mynychufynychu Ysgol Uwchradd Sirol Monroe, datblygodd Lee ddiddordeb mewn llenyddiaeth Saesneg. Ar ôl graddio o ysgol uwchradd yn 1944,<ref name="EoABio" /> fe fynychodd y coleg i ferched (ar y pryd) [[Huntingdon College]] yn [[Montgomery, Alabama|Montgomery]] am flwyddyn, yna trosglwyddodd i Brifysgol Alabama yn [[Tuscaloosa, Alabama|Tuscaloosa]], lle astudiodd y gyfraith am sawl blwyddyn, a lle ysgrifennodd i bapur newydd y brifysgol, ond ni chwblahoddchwblhodd ei gradd.<ref name="EoABio" />
