Sefydlwyd Ynysoedd y Galapagos yn [[Parc CenedlaethoCenedlaethol|Barc Cenedlaethol]] yn [[1959]] ac mae'n cynnwys 97.5 o arwynebedd yr ynysoedd ac ar weddill y tir y mae'r pedwar pentref oedd yn bodoli ar y pryd. Roedd tua 1,000 i 2,000 o bobl yn byw ar yr ynysoedd bryd hynny, ond yr [[1980au]] cododd eu nifer yn sylweddol i fod yn 15,000 o bobl. Yn [[1986]] datganwyd bod y môr o gwmpas yr ynysoedd yn [[Gwarchodfa Forwrol|Warchodfa Forwrol]]. Yn [[1978]] cydnabuwyd gydnabod yr ynysoedd gan [[UNESCO]] fel un o [[Safleoedd Treftadaeth y Byd]], ac yn [[2001]] estynwyd hyn i gynnwys y môr o'u cwmpas, y Warchodfa Forwrol. Sefydlwyd [[Cronfa Charles Darwin]] yn [[1959]] yng [[Gwlad Belg|Ngwlad Belg]] gyda'r pwrpas o hybu cadwraeth yr ynysoedd.