Gydag arwynebedd o 720 km<sup>2</sup>, Ynys Môn yw ynys fwyaf Cymru.<ref>[http://angleseynature.co.uk/introduction.html Angleseynature.co.uk]</ref> Hi yw'r bumed fwyaf o'r ynysoedd llai Ynysoedd Prydain, heb gynnwys dwy ynys fawr, sef Ynys Prydain ac Iwerddon. Mae bron y cyfan o'r ynys yn dir cymharol isel; y pwynt uchaf yw [[Mynydd Twr]] ar Ynys Cybi, 220 medr (722 troedfedd). Y pwyntiau uchaf ar y brif ynys yw [[Mynydd Bodafon]] (178 medr) a [[Mynydd Eilian]] (177 medr), tra mae [[Mynydd Parys]] ychydig yn is. O gwmpas y brif ynys, ceir nifer o ynysoedd llai. Y fwyaf o'r rhain yw [[Ynys Cybi]], ynys ail-fwyaf Cymru gydag arwynebedd o 39.44 km<sup>2</sup> (15.22 mi<sup>2</sup>), lle ceir tref fwyaf Môn, [[Caergybi]], ac sydd â [[Cob|chob]] yn ei chysylltu â'r brif ynys. Ymysg yr ynysoedd eraill mae [[Ynys Seiriol]], [[Ynys Moelfre]] ac [[Ynys Llanddwyn]]. Gwahenir yr ynys o'r tir mawr gan [[Afon Menai]], sydd tua 14 milltir o hyd. Mae lled y Fenai yn amrywio o lai na chwarter milltir ger [[Porthaethwy]], lle mae [[Pont Y Borth]] yn ei chroesi, a ger [[Llanfairpwll]] lle mae [[Pont Britannia]] yn ei chroesi, i tua 3 milltir a hanner yn ei rhan orllewinol, er ei bod yn culhau eto ger [[Trwyn Abermenai]] yn ei heithaf gorllewinol. I'r gogledd-ddwyrain o'r pontydd mae'r Fenai yn ymledu dros [[Traeth Lafan|Draeth Lafan]] rhwng [[Penmon]] ac [[Ynys Seiriol]] yn y gogledd a [[Penmaenmawr|Phenmaenmawr]] yn y de ac yn mynd yn rhan o [[Bae Conwy|Fae Conwy]].
Ceir nifer o lynnoedd naturiol, yn bennaf yng ngorllewin yr ynys, yn cynnwys [[Llyn Coron]], [[Llyn Traffwll]] a [[Llyn Llywenan]]. Mae dwy gronfa ddŵr fawr wedi eu creu, [[Llyn Alaw]] a [[Llyn Cefni]]. Cymharol fychan yw'r rhan fwyaf o afonydd Môn, sy'n cynnwys [[Afon Cefni]], [[Afon Alaw]] ac [[Afon Braint]]. Ceir nifer o [[Cors|gorsydd]] ar yr ynys hefyd. Ar un adeg, roedd [[Cors Ddyga]] yn ymestyn yr holl ffordd o [[Malltraeth|Falltraeth]] hyd at gyrion Llangefni, hanner y ffordd ar draws yr ynys.
