Ieithoedd a siaredir yn bennaf yn ne a dwyrain Affrica yw'r ieithoedd Khoisan. Yn ne Affrica, siaredir yr ieithoedd yma gan y Khoi a'r San, ac yn nwyrain Affrica gan y Sandawe a'r Hadza. Maent yn adnabyddus am y "cliciau", sy'n unigryw i'r ieithoedd yma, seiniau sy'n cael eu cyfleu mewn ysgrifen fel "!".

Yr ardaloedd lle siaredir yr ieithoedd Khoisan (mewn melyn)

Credir fod yr ieithoedd yma yn cael eu siarad ar hyd ardal eang o dde a dwyrain Affrica yn y cyfnod cyn ymledaeniad y Bantu, ond erbyn hyn maent wedi eu cyfyngu i anialwch y Kalahari, yn bennaf yn Namibia a Botswana, a rhan o ganolbarth Tanzania. Mae'r rhan fwyaf o'r ieithoedd hyn mewn perygl, a rhai ar fin diflannu. Yr unig iaith gyda nifer sylweddol o siaradwyr yw Nama yn Namibia, gyda tua chwarter miliwn yn ei siarad.

Nid oes cytundeb ymysg ieithyddion a ellir ystyried yr iaithoedd Khoisan yn deulu ieithyddol; cred rhai nad oes perthynas agos rhwng y gwahanol ieithoedd. Gellir eu dosbarthu yn nifer o grwpiaqu: