5 Gorffennaf 2009 - Monaco i Brignoles, 182 km
Roedd y cymal hon yn weddol wastad, ond roedd un allt trydydd categori a tri allt pedwerydd categori iw dringo yn 129 km cyntaf y cymal. Roedd y rhanfwyaf o'r 15 km olaf i lawr allt. Fe dorodd pedwar reidiwr oddiar flaen y peleton, (Stéphane Augé, Stef Clement, Cyril Dessel a Jussi Veikkanen) deliont fantais o 5 munud ar y mwyaf, ond deliwyd hwy gyda 10 km yn weddill. Mikhail Ignatiev oedd y cyntaf iw dal, ac yn fuan wedyn gan weddill y peloton. Deliwyd Ignatiev gyda 5 km i fynd. Bu damwain a amharodd ar allu rhai o'r sbrintwyr i drefnu eu hunain yn barod ar gyfer y sbrint yn y cilometr olaf, gan alluogi i Mark Cavendish ennill yn glir.[2]
Roedd cymal 3 yn gymal gwastad arall, a orffennodd wrth y dŵr yn La Grande-Motte. Ffurfiwyd grŵp o bedwar oddiar flaeny peleton fel digwyddodd yn yr ailgymal, y tro hwn yn cynnwys Maxime Bouet, Koen de Kort, Samuel Dumoulin a Rubén Pérez. Deliodd y grŵp fantais o 13 munud ar y mwyaf ond gyda llai na 30 km i fynd deliwyd hwy gan grŵp arall oedd wedi llwyddo i dorri oddiar flaen y peleton oherwydd y gwyntoedd cryf ger yr arfordir. Roedd 28 reidiwr yn y grŵp hwn, gan gynnwys yr arweinydd Fabian Cancellara, enillydd y Tour 7 gwaith Lance Armstrong a holl dîm Team Columbia-HTC. Enillodd Mark Cavendish y cymal mewn sbrint. Nid oedd nifer o ffefrynau'r ras yn bresennol yn y grŵp hwn, megis Alberto Contador, Cadel Evans, Carlos Sastre, y brodyr Schleck a Levi Leipheimer, collasont 41 eiliad erbyn diwedd y cymal.[3]
Dyma oedd y treial amser tîm cyntaf yn y Tour ers 2005. Roedd y reidwyr a orffennodd y treial amser gyda'r pum aelod cyntaf o'r tîm yn derbyn yr un amser, ond roedd reidwyr a orffennodd ar ben eu hunain yn derbyn amser unigol. Enillwyd y treial amser gan Astana, gan guro Garmin o 18 eiliad. Roedd Garmin wedi reidio hanner y ras gyda ond pump o'u naw reidiwr. Gorffennodd Fabian Cancellara a Team CSC 40 eiliad tu ôl i Astana, a gan y bu gan Cancellara yr un amser yn y dosbarthiad cyffredinol a Lance Armstrong, deliodd Cancellara y crys melyn oherwydd y ffracsiwn o eiliad a gofnodwyd yn y prologue a roddodd ef ar y blaen.
Ar ôl y ras, cwynodd nifer o reidwyr nad oedd llwybr y cymal yn un diogel, ac nad oedd yn gymwys ar gyfer ras mor bwysig a'r Tour. Roedd nifer o reidwyr wedi cael damwain yn ystod y ras gan gynnwysDenis Menchov, Alessandro Ballan, Bingen Fernández, Jurgen Van Den Broeck, 4 reidwyr tîm Bbox Bouygues Telecom a Piet Rooijakkers. Torodd Rooijakkers ei fraich ac aethpwyd ac ef i'r ysbytu ar frys felly dyna oedd ei ddiwedd ef i'r ras.[5]
Dyma oedd ond yr ail dro erioed i'r Tour ymweld â Cap d'Agde. Mae Perpignan, ar y llaw arall, yn ddinas traddodiadol i'r Tour ymweld, a credir iddo fod yn nodweddiadol o pan fydd y Tour yn mynd i'r Pyrenees (pan fydd ar daith gwrth-glocwedd pob yn ail blwyddyn). Ymosododd chwe reidiwr oddiar flaen y peleton o fewn y cilometr cyntaf, gan gynnwys Anthony Geslin, Yauheni Hutarovich, Mikhail Ignatiev, Marcin Sapa, Albert Timmer a Thomas Voeckler, ac ar yr uchafbwynt deliont fantais o 9 a hanner munud ar y peleton. Lleihawyd y fantais gan ymosodiadau Ignatiev yn y 10 km olaf i 4 munud, a gyda 5 km i fynd fe wnaeth Voeckler ymosod mewn symudiad a benderfynnodd y ras. Gorffennodd Ignatiev yn ail, ddim yn bell o flaen Cavendish a gweddill y peleton.
Roedd y pelton wedi ei hollti yn ystod y ras oherwydd y gwyntoedd cryf, yn debyg i beth ddigwyddodd deuddydd ynghynt. Ymysg y rhai a oedd yn absennol o'r grŵp cyntaf oedd Denis Menchov a Tom Boonen, ond fe lwyddont nhw a'u grŵp i ddychwelyd i'r prif-beleton ar ôl erlid am sewl cilometr. Disgynodd Robert Gesink yn fuan cyn i'r ras symyd ar hyd yr arfordir gwyntog, a collodd amser yn y pen-draw gan orffen naw munud tu ôl i bawb, Canfyddwyd yn ddiweddarach iddo fod wedi torri ei arddwrn.[6]
Dyma oedd y cymal gwastad olaf yn Tour 2009 cyn i'r ras fynd i'r Pyrenees. Cynhaliwyd y cymal yn Sbaen, ar lwybr a ddefnyddir yn aml yn y Tour de Catalonia. Dechreuodd David Millar prif doriad y dydd, gan dorri oddiar flaen y grŵp ar ôl 46 km, ymunodd Stéphane Augé a Sylvain Chavanel gydag ef, cymerodd Augé afael ar grys Brenin y Mynyddoedd, ymunodd Amets Txurruka gyda nhw yn ddiweddarach. Roedd Millar yn 10fed yn y dosbarthiad cyffredinol ar ddechrau'r cymal, ac roedd yn arwain y ras ar y ffordd am rhanfwyaf o'r dydd. Cynyddodd yr amser rhwng nhw a'r peleton i 3'45", ymosododd Millar unwaith eto gan adael ei gyd-ddihengwyr gyda 29 km yn weddill. Roedd allt tuag at ddiwedd y cymal yn Montjuïc nad oedd yn siwtio'r sbrintwyr, ond roedd grŵp o 60 ar flaen y maes pan ddelwyd Millar yn agos i'r faner goch a oedd yn dynodi 1 km i fynd, roedd rhai o brif cystadleuwyr y dosbarthiad cyffredinol yn y grŵp hwn, a Thor Hushovd enillodd y sbrint.
Bu nifer o gawodydd drwy gydol y dydd, a disgynodd nifer o reidwyr, Michael Rogers oedd un o'r prif gystadleuwyr a gollodd swm sylwedol o amser.
Roedd hwn yn gymal anodd, a orffenodd yn Andorra ar lefel o 2,200 metr uwchben y môr, un o'r cymalau i orffen ar y lefel uchaf erioed. Roedd hefyd yn weddol hir am gymal mynyddig a oedd yn ffafrio dringwr a oedd yn gallu ymosod ac aros oodi ar flaen y peleton. Dyma oedd yr ail gymal mewn rhes nad oedd yn ymweld â Ffraic.[7]
Dychwelodd y Tour i Ffrainc yn ystod cymal mynyddig arall, yr ail o dri cymal yn y Pyrenees. Roedd tri allt wedi eu categoreiddio yn y cymal, gan gynnwys Port d'Envalira 2,400 metr o uchder ond 23.5 km o gychwyn y cymal. Ar ôl y Col de Port a'r Col d'Agnès, gorffennodd y ras ar lwyfandir ar ôl disgyniad serth.[8]
12 Gorffennaf 2009 - Saint-Gaudens i Tarbes, 160 km
Dymal cymal olaf yn y Pyrenees yn 2009, gyda dau esgyniad wedi ei categorieddio, y Col d'Aspin a'r Col de Tourmalet, ac adran hir gwastad yn debyg i'r diwrnod cynt, gan ei wneud yn anodd i ymosod a chael yr effaith o niwtraleiddio'r cymal yn nhermau'r dosbarthiad cyffredinol. Bu ymosodiad cynnar yn cynnwys 12 reidiwr, a ymunwyd hwy ar ôl cryn waith gan Liquigas i symud Franco Pellizotti ar draws i'r grŵp hwn. Wedi ychydig mwy na haner awr, dim ond pedwar oedd yn weddill yn y grŵp: Pellizotti, Jens Voigt, Pierrick Fédrigo a Leonardo Duque, a gafodd ei ddisgyn ar y Col d’Apsin, tra bod grŵp o 9 reidiwr wedi ffurfio tu ôl yn cynnwys Egoi Martínez, a lwyddodd i ennill ddigon o bwyntiau drost y cols i gipio'r Crys Dot Polca ar ddiwedd y dydd. Erbyn copa'r mynydd, roedd y tri a oedd yn arwain yn dal mantais o 2'45 dros yr ail grŵp a 3'30 dros y peloton; erbyn copa'r Tourmalet dim ond Pellizotti a Fédrigo oedd yn weddill ar y blaen, gyda saith yn goroesi yn y grŵp 2'40 yn ôl a'r peloton 5'05 yn ôl. Tynnwyd y reidwyr i gyd yn ôl i'r peleton heblaw y ddau arweinydd erbyn gwaelod yr allt a'r adran gwastad, gyda Rabobank a Caisse d'Epargne yn ceisio peiriannu buddugoliaeth ar gyfer eu sbrintwyr hwy, ond llwyddodd Pellizotti a Fédrigo i ddal ymlaen a chystadlu yn erbyn eu gillydd am y ffuddugoliaeth, y Ffrancwr a gipiodd hi.[9]