Roedd yn ferch i Cleopatra V Trifena a Ptolemi XII Auletes, a daeth yn frenhines yn 51 CC, yn 17 oed ar y cyd a'i brawd (a ddaeth hefyd yn ŵr iddi) sef Ptolemi XIII; roedd yn 12 oed ar y pryd. Teulu Groegaidd oedd y Ptolemiaid, a dywedir mai Cleopatra oedd y gyntaf o'i llinach i fedru Eiffteg.
Wedi teyrnasu am dair blynedd, gyrrodd Ptolemi ei chwaer o'r orsedd ar gyngor Pothinus ac Achillas, ac alltudiwyd hi i Syria. Ceisiodd Cleopatra adennill yr orsedd, ond ni lwyddodd nes i Iŵl Cesar gyrraedd dinas Alexandria yn 48 CC... mwy...